Der Innovationsfonds wurden gegründet mit dem Ziel, die Entwicklung und Verbreitung von innovativen, digital gestützten Unterrichtsprojekten zu fördern und so zur praxisnahen Umsetzung der Digitalisierung an den Mittelschulen und den Berufsfachschulen des Kantons Zürich beizutragen. Die Förderung besteht darin, dass Lehrpersonen der Sek II an öffentlichen Schulen des Kantons Zürich für die Ausarbeitung von Unterrichtsprojekten entlastet werden. Geförderte Projekte sollen später den Lehrpersonen des Kantons Zürich zur Verfügung gestellt werden Auf der Sek II Stufe existieren zwei Innovationsfonds: Der Innovationsfonds der Mittelschulen (HSGYM-Innovationsfonds) hat im Juli 2019 seine Tätigkeit aufgenommen. Der Innovationsfonds der Berufsbildung ist im Mai 2020 gestartet. Beide Innovationsfonds sind mit den gleichen jährlichen Fördermitteln ausgestattet.